Prospecção, caracterização e identificação de cepas Shewanella algae oriundas de cultivo do camarão marinho Litopenaeus vannamei

Abstract

Shewanella algae é uma bactéria comumente isolada do trato digestivo de crustáceos. Apresenta ação lipolítica, proteolítica, amilolítica e antagonismo a bactérias patogênicas, características de um potencial probiótico para carcinicultura e piscicultura. Diante disto, este trabalho teve como objetivos, isolar e identificar microrganismos, potenciais probióticos, presentes na água de cultivo e no trato digestivo do camarão L. vannamei, cultivado em sistema heterotrófico, e caracterizar as cepas selecionadas fenotipicamente e genotipicamente avaliando suas relações filogenéticas e a competência das cepas estudadas como candidatas a probiótico. Inicialmente, foram isoladas 22 cepas bacterianas no meio TCBS, a partir de amostras do cultivo intensivo heterotrófico de L. vannamei e os DNAs das cepas foram extraídos, quantificados e identificados através do sequenciamento parcial do gene 16S rRNA e comparação ao GenBank – NCBI e RDP - Seqmath. Posteriormente, foram agrupadas utilizando os iniciadores REP, ERIC e BOX-PCR. Em seguida, foram selecionadas as cepas IPA-S.111 e IPA-S.252, que apresentaram ótimos índices de atividade amilolítica e proteolítica. Estas cepas foram identificadas através do sequenciamento completo do gene 16S rRNA, alinhadas a 45 espécies do gênero Shewanella e avaliadas filogeneticamente utilizando os métodos Neighbor-Joining, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. Não obstante, foi realizada uma caracterização fenotípica através de análises bioquímicas, como teste oxidase, catalase, Gram, antibiograma e testes presentes no kit BACTRAY (Laborclin®). Ainda, caracterizou-se morfologicamente as bactérias e colônia. Na primeira etapa, os amplicons apresentaram tamanho específico entre 325 a 438 pb. O agrupamento realizado com o REP, ERIC e BOX-PCR apresentou similaridade de 59 % distribuídos em quatro grupos. O sequenciamento parcial do gene 16S rRNA permitiu identificar gêneros, como Bacillus, Vibrio e Shewanella. Ademais, a alta concentração de bactérias vibrionáceas apontam condições inadequadas de cultivo, devido ao alto grau de patogenicidade que este grupo apresenta. Em uma segunda etapa, o sequenciamento total do gene 16S rRNA das cepas revelou alta similaridade a espécie S. algae, utilizando o GenBank e o RDP-seqmath. As cepas estudadas foram sensíveis aos antibióticos Clorafenicol (30μg), Amicacina (30μg), Ampicilina/Sulbactan* (10μg), Ofloxacina (5μg), Azitromicina (15μg) e Tetraciclina (30μg). Por conseguinte, a capacidade de formação de biofilme, adicionada ao alto potencial enzimático e antagonismo a patógenos, característico do gênero Shewanella, tornam estas cepas potenciais probióticos para a carcinicultura.