Caracterização transcriptômica da via IL-23/Th7 em pacientes com câncer de mama por RNA-seq

Abstract

O câncer de mama apresenta elevada complexidade biológica, sendo influenciado por interações dinâmicas no microambiente tumoral que modulam a progressão da doença. Dentre esses mediadores, a via IL-23/Th17 desempenha papel central na regulação de respostas pró-inflamatórias. Este estudo teve como objetivo investigar o perfil transcricional de amostras de tecido mamário, focando na caracterização de genes associados ao eixo IL-23/Th17. Para isso, pacientes tratadas no Instituto de Medicina Integral Professor Fernando Figueira (IMIP) tiveram tecidos coletados durante procedimentos cirúrgicos, mediante aprovação no comitê de ética do hospital. Dados clínicos das respectivas pacientes e respostas aos questionários aplicados foram planilhados para correlações subsequentes. Os tecidos tiveram RNA extraído e qualidade avaliada no NanoDrop e em Qubit. As amostras de RNA foram sequenciadas na plataforma da MGI Tech utilizando o equipamento G400. A qualidade das reads obtidas do sequenciamento foi avaliada no FastQC e MultiQC e os adaptadores e bases de baixa qualidade foram removidos no Trimmomatic. As reads foram alinhadas ao genoma de referência humano usando o HISAT2 e arquivos de contagem foram obtidos pelo HTSeq-count e exportados para o ambiente R, onde foram realizadas as análises exploratórias. Utilizando a matriz de contagem normalizada para transcritos por milhão (TPM), análises do perfil imune das pacientes foram conduzidas no CIBERSORT. Os resultados demonstraram alta qualidade de sequenciamento e ativação variável da via IL-23/Th17 entre as pacientes. Maiores scores de ativação do eixo foram observados nas amostras M6 (benigna) e M8 (maligna), sugerindo que a desregulação inflamatória pode estar presente desde estágios iniciais da patologia. A rede de interação validou a coesão funcional dos genes selecionados, identificando STAT3 como a principal proteína hub do sistema. O perfil imune revelou-se diverso e heterogêneo entre as amostras. O eixo IL-23/Th17 demonstrou ser dependente do contexto individual e clínico, reforçando seu papel no remodelamento do microambiente e seu potencial como alvo para investigações de biomarcadores no câncer de mama.