Determinação dos efeitos do clorotalonil em células do córtex pré-frontal de camundongo (Mus musculus) a partir de análise transcriptômica

Abstract

O Brasil é o maior consumidor de agrotóxicos do mundo desde 2008 e em 2021 consumiu cerca de 719 mil toneladas. O clorotalonil (CTL) é um pesticida de amplo espectro e não sistêmico, e foi o quinto pesticida mais vendido do Brasil em 2023. O CTL está enquadrado na classificação 2 de toxicidade: altamente tóxico. Neste trabalho buscamos investigar os efeitos do CTL em células do córtex pré-frontal do camundongo através de dados públicos de sequenciamento de RNA. Duas amostras de CTL, foram selecionadas do bioprojeto com o código de acesso PRJNA288135, no banco de dados SRA (Sequence Read Archive) do National Center for Biotechnology information (NCBI). O biorojeto é proveniente de um artigo no qual os autores investigam alterações transcricionais semelhantes ao autismo e à neurodegeneração de 294 pesticidas em culturas celulares do córtex pré-frontal de camundongo. As culturas foram tratadas com a dose não-citotóxica de 1 µM de CTL (grupo exposto ao CTL), ou com dimetilsulfóxido na concentração final ≤ 0,5% (grupo veículo, condição controle). As amostras selecionadas para os grupos controle e CTL foram baixadas diretamente no ambiente Galaxy e seguimos dois fluxos de trabalho: (a) o fluxo 1, no qual as amostras tiveram as 10 bases iniciais trimadas no pré-processamento; e o fluxo 2 (b), no qual essas bases foram mantidas. Realizamos análises de qualidade, pré-processamento, mapeamento, análise de similaridade, análise de expressão diferencial e análise das vias metabólicas. Três genes foram estatisticamente inibidos (False Discovery Rate < 0,05) – subunidade beta-1 da proteína de ligação a nucleotídeos de guanina (Gnb1), placofilina 4 (Pkp4) e proteína de domínio triplo funcional (PTPRF Trio). O fluxo 2 foi robusto o suficiente para agrupar os transcriptomas das amostras de CTL e identificar o efeito do CTL na repressão desses genes. Nosso trabalho aponta que o CTL afeta genes envolvidos no citoesqueleto e na sinalização celular e os seus efeitos na expressão destes genes pode estar associada à carcionogenicidade deste pesticida.