Análise in silico de uma matriz DRE na seqüência promotora de genes da levedura Saccharomyces cerevisiae

Abstract

A regulação da expressão gênica envolve uma complexa rede de interações entre fatores de transcrição e elementos regulatórios da região promotora dos genes. Dados experimentais disponíveis na literatura demonstram a importância de uma seqüência de 15 pares de base (pb) na regulação do gene SNM1(PSO2), necessário para o processo de reparação de lesões no DNA da levedura Saccharomyces cerevisiae. Estes dados foram fundamentais na elaboração da hipótese acerca da dispersão deste elemento na região promotora de outros genes de reparação e de sua importância na indução destes genes mediada por danos no DNA da levedura. Verificouse a presença desta seqüência de 15 pb nas regiões promotoras de outros genes de reparação de DNA, o que proporcionou a construção de uma matriz de peso relacionando nucleotídeos conservados, transições e transversões nas diferentes posições da seqüência consenso denominada seqüência consenso semelhante ao elemento DRE (Damage Response Element) do gene RAD2. Posteriormente, a análise de homologia foi expandida, utilizando ferramentas computacionais de análise matricial que proporcionam a geração de uma seqüência consenso identificada também em muitos outros genes desta levedura. A grande maioria não estando relacionada com processos de reparação ou metabolismo do DNA. Este elemento semelhante ao elemento regulatório DRE apresentou alta homologia com outras seqüências regulatórias presentes no genoma da levedura. O fato deste elemento estar presente na região promotora de quase um terço dos genes da levedura e de que sua presença parece não estar diretamente relacionada com a indução destes genes por agentes mutagênicos, sugerem fortemente que a seqüência semelhante ao elemento DRE descrita neste trabalho deve atuar como um elemento regulatório envolvido com mecanismos gerais de regulação da expressão gênica em S. cerevisiae