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Please use this identifier to cite or link to this item: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6499
Title: Análise dos padrões de utilização de códons sinônimos no genoma da bactéria Chromobacterium violaceum
Authors: Paula da Silva Ramos, Catarina
Keywords: Genômica funcional;Chromobacterium;Análise de códons
Issue Date: 2006
Publisher: Universidade Federal de Pernambuco
Citation: Paula da Silva Ramos, Catarina; Paes de Andrade, Paulo. Análise dos padrões de utilização de códons sinônimos no genoma da bactéria Chromobacterium violaceum. 2006. Dissertação (Mestrado). Programa de Pós-Graduação em Genética, Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2006.
Abstract: desvio no uso dos códons podem ocorrer devido a vários fatores. Entre provariotos, o uso de códons sinônimos é atribuido ao equilíbrio existente mutação e seleção natural. Um determinado subconjunto de códons pode frequentemente ser observado nas regiões do genoma onde uma alta eficiência traducional é requerida. O uso de códons de uma beta-proteobactéria, Chromobacterium violaceum, é deswcrito aqui pela primeira vez. O presente estudo teve como objetivo a identificação das principais causas da variação do uso de códons no genoma da C. violaceum ATCC 12472. Uma análise de correspondência (CoA) da utilização relativa de códons sinônimos (RSCU) foi empregada para investigar a variação do uso de códons sinônimos entre os genes. Os resultados mostraram que um dos maiores determinantes desta variação é o conteúdo de GC que mostrou correlação direta com o primeiro eixo principal da CoA. Observou-se também uma forte correlação inversa entre o número relativo de códons (ENc) e o conteúdo Guanina/Citosina na terceira posição (GC3), mostrando que o uso de códons também sofre influência da composição em nucleotídeos. Ao contrário do que observado em alfa-proteobactérias, a assimetria das fitas não pareceu influenciar a composição de aminoácidos ou o número de genes, por outro lado o uso de códosn teve alguma influência. A distribuição semelhante dos genes nas fitas contínua e descontínua apontou para aus~encia de conflito entre transcrição e replicação, provavelmente devido a uma tradução otimizada e a uma replicação muito lenta. A generealidade destas observações entre beta-proteobactérias dependerá de novos estudos com este grupo de microrganismos
URI: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6499
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