Construção de antígenos a partir de predição de epítopos como estratégia para o desenvolvimento de vacina de DNA contra o SARS-CoV-2

Abstract

O rápido agravamento da pandemia da COVID-19 impulsionou o desenvolvimento de plataformas vacinais de fácil edição, como as vacinas de DNA multiepítopo. Nesse cenário, é interessante investir em construções vacinais para comparar as estratégias vacinais com ampla conservação de epítopos e capacidade de cobertura populacional. O presente estudo objetivou construir antígenos multiepítopo do SARS-CoV-2, para produção de vacinas de DNA a partir de duas abordagens: epítopos descritos na literatura (I) e preditos a partir da sequência de referência (II). A abordagem I utilizou epítopos das proteínas S e N disponíveis na literatura que foram clonados in silico e verificados quanto aos seus valores de imunogenicidade, conservação, cobertura populacional e docking molecular. A construção vacinal com > 90% de cobertura incluiu 15 epítopos conservados com potencial imunogênico e que conseguiram se ancorar na fenda dos HLAs. Para a abordagem II foi feita a predição e análise de epítopos das proteínas estruturais, nsP1 e acessórias para identificar aqueles 100% conservados, com maiores valores de cobertura populacional e ancorados nos HLAs. Foram preditos entre 36 e 420 epítopos por proteína. Após as análises, 25 epítopos compuseram essa construção com 53,4% de cobertura. Portanto, este estudo gerou diferentes conjuntos de epítopos capazes de cobrir diferentes populações sendo destacada a segunda construção que conseguiu se manter totalmente conservada mesmo diante das variantes emergentes com potencial para validação futura em estudos in vitro e in vivo.