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Please use this identifier to cite or link to this item: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/21010
Title: Interpretação ontológica de bancos de dados biomédicos: modelos de interpretação e enriquecimento axiomático
Authors: SILVA, Filipe Santana da
Keywords: Ontologia;Interpretação;Banco de dados biológicos;Anotação;Representação
Issue Date: 18-Jul-2016
Publisher: Universidade Federal de Pernambuco
Abstract: Com o crescimento em quantidade e dimensão dos bancos de dados (BDs) biomédicos, ontologias foram incorporadas para anotá-los semanticamente, facilitando a interpretação, acesso, recuperação e processamento dos dados. Entretanto, como ontologias e BDs são criados com propósitos diferentes, não é possível interpretar registros de BDs de forma clara e definida. Ontologiassupradomíniopodemserempregadasparafornecerclasseserelações,demaneiraque o conteúdo de BDs anotados seja representado e interpretado adequadamente. A representação das anotaçõesevita ambiguidades, mantendoo engajamento ontológicoe permitindoconsultar os dados utilizando raciocínio. Nossa hipótese é de que é possível interpretar ontologicamente o conteúdo de um ou mais BDs anotados, determinando como as entidades anotadas dos BDs se relacionam. O objetivo deste trabalho é avaliar e propor estratégias que auxiliem o usuário no processo de interpretação ontológica de registros de BDs biomédicos como indivíduos, classes e disposições, a partir de ontologias formais. A interpretação ontológica é construída ao empregar classes e relações da BioTopLite2 (BTL2), organizando e estendendo ontologias utilizadas como anotação,e.g. GO, ChEBI, SNOMED e PRO; provenientes dos BDs UniProt, Ensembl e NCBI Taxonomy. São investigadas quatro formas de interpretação, viz. quando as anotações são: indivíduos, subclasses, incluem disposições, e um híbrido entre subclasses e disposições. A interpretação como subclasses é a mais indicada ao comparar questões de desempenho, expressividade e capacidade de consultar, utilizandoraciocínio e integração semântica. Demonstramos que esse tipode interpretação é aplicável na prática, apresentando bom desempenho para consultas utilizando raciocínio. Foi desenvolvido um protótipo integrativO CBR para automatizar a interpretação ontológica como subclasses. A ferramenta é responsável por reconstruir o processo de interpretação ontológica, recuperando indivíduos, identificando classes e gerando uma ontologia como modelo de interpretação. A interpretação ontológica de anotações apresenta benefícios: verificar a consistência do BD, e.g. se existem anotações contraditórias; representação formal e ontológica da organização dos dados; a análise do engajamento ontológico dos dados anotados; e, a criação de consultas que utilizam raciocínio para explorar os dados interpretados.
URI: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/21010
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