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Please use this identifier to cite or link to this item: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/2002
Title: Regiões gênicas de interesse para o desenvolvimento de um diagnóstico do Papillomavirus Humano: abordagem in silico
Authors: Henrique Madeiros Castelletti, Carlos
Keywords: Papillomavirus;Diagnóstico Molecular;Bioinformática;In silico
Issue Date: 2006
Publisher: Universidade Federal de Pernambuco
Citation: Henrique Madeiros Castelletti, Carlos; Luiz de Lima Filho, José. Regiões gênicas de interesse para o desenvolvimento de um diagnóstico do Papillomavirus Humano: abordagem in silico. 2006. Dissertação (Mestrado). Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2006.
Abstract: O câncer do colo do útero é o segundo câncer em número de casos entre as mulheres e o sétimo de maior incidência no mundo com 493 mil novos casos por ano, com uma taxa de mortalidade de 50 a 55%. A estimativa para o Brasil é de 19.260 novos casos para 2006, com um risco estimado de 20,31 casos a cada 100 mil mulheres. No Brasil, assim como nos outros países em desenvolvimento, a freqüência do teste de Papanicolau é baixa e os casos são normalmente diagnosticados em fase avançada. Em todo o mundo o Papillomavirus Humano (HPV), diretamente associado ao câncer do colo do útero, é um problema de saúde pública. A análise do genoma, através da genômica comparativa, dos HPVs de alto e baixo risco pode indicar regiões de grande importância associadas à sua patogenicidade. O presente trabalho propõe uma metodologia capaz de classificar o risco à carcinogenicidade utilizando as seqüências de cinco proteínas, E6, E7, E1, L1 e L2 que estão presente em 78 genomas de HPV disponíveis nos bancos de dados públicos. Utilizando-se dos Modelos Ocultos de Markov (HMM) foram selecionadas 24 regiões nas cinco proteínas. Destas 24 regiões, oito foram escolhidas após aplicação de modelo discriminativo baseado em Máquinas de Vetores de Suporte (SVM) acoplado a um algoritmo genético. Diferentes combinações destas oito regiões produziram um conjunto de classificadores capazes de predizer com 100% de eficiência o tipo de risco do HPV. Esta técnica permitiu determinar regiões de potencial importância na carcinogenicidade do HPV. Tais resultados sugerem regiões gênicas de interesse para o desenvolvimento de um método de diagnóstico da presença do DNA viral, contribuindo na prevenção do câncer do colo do útero
URI: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/2002
Appears in Collections:Dissertações de Mestrado - Ciências Biológicas

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