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https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/39133
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Campo DC | Valor | Lengua/Idioma |
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dc.contributor.advisor | CAMPOS, Paulo Roberto de Araújo | - |
dc.contributor.author | CIRNE, Diego Cavalcante | - |
dc.date.accessioned | 2021-01-26T13:21:56Z | - |
dc.date.available | 2021-01-26T13:21:56Z | - |
dc.date.issued | 2020-10-14 | - |
dc.identifier.citation | CIRNE, Diego Cavalcante. Um estudo teórico sobre a previsibilidade em evolução. 2020. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2020. | pt_BR |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/39133 | - |
dc.description.abstract | Neste estudo abordamos a importante questão da previsibilidade do processo evolutivo no contexto do espaço de sequências e relevo de adaptação, introduzidos originalmente por Sewall Wright. A topologia do espaço de sequências é tal que dois genótipos que diferem por uma única mutação são vizinhos. O relevo de adaptação surge através da atribuição do fitness a cada sequência, uma medida ou representante da aptidão do indivíduo. Nesse relevo multidimensional caminhadas adaptativas seguem um algoritmo de busca local por meio de reprodução, mutação e seleção em direção aos máximos locais, genótipos mais aptos que todos os seus vizinhos. Simulando diferentes dinâmicas populacionais num espaço de sequências binárias rastreamos a cada geração o indivíduo mais apto presente e ao fim tem-se armazenada uma caminhada adaptativa. O processo é claramente sujeito a fatores estocásticos e sua repetição sistemática produz um ensemble de trajetórias evolutivas, a informação fundamental a ser explorada. A partir destes ensembles sobre diferentes parâmetros realizamos uma série de medidas majoritariamente associadas à acessibilidade e reprodutibilidade de caminhadas evolutivas. Duas medidas são de especial interesse: predictability e divergência média de caminhos. Enquanto a primeira avalia a distribuição de probabilidade das caminhadas, representando um passo além em relação a medidas simplórias como o número de caminhos distintos, a segunda caracteriza tanto a distribuição quanto uma noção topológica de similaridade entre caminhos, baseada na distância de Hamming entre as sequências de cada trajeto. Entre os resultados relevantes destacamos como o fenômeno epistático de interação gênica está associado a relevos acidentados, onde o número de trajetórias é bastante reduzido ao mesmo tempo em que diminui sua similaridade, dois efeitos essencialmente opostos em termos de previsibilidade. No regime em que a evolução não pode ser simplificada como caminhadas adaptativas, devendo-se levar em consideração a demografia, observamos que tanto a previsibilidade quanto a divergência média de trajetórias apresentam uma dependência monotônica com o tamanho de população 𝑁, porém não monotônica com a taxa de mutação 𝜇. | pt_BR |
dc.description.sponsorship | CAPES | pt_BR |
dc.language.iso | por | pt_BR |
dc.publisher | Universidade Federal de Pernambuco | pt_BR |
dc.rights | openAccess | pt_BR |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ | * |
dc.subject | Física Teórica e Computacional | pt_BR |
dc.subject | Previsibilidade | pt_BR |
dc.subject | Espaço de sequências | pt_BR |
dc.subject | Relevo de adaptação | pt_BR |
dc.title | Um estudo teórico sobre a previsibilidade em evolução | pt_BR |
dc.type | masterThesis | pt_BR |
dc.contributor.authorLattes | http://lattes.cnpq.br/9220163162095507 | pt_BR |
dc.publisher.initials | UFPE | pt_BR |
dc.publisher.country | Brasil | pt_BR |
dc.degree.level | mestrado | pt_BR |
dc.contributor.advisorLattes | http://lattes.cnpq.br/5468845680173423 | pt_BR |
dc.publisher.program | Programa de Pos Graduacao em Fisica | pt_BR |
dc.description.abstractx | process in the context of sequence space and fitness landscape, originally introduced by Sewall Wright. The topology of the sequence space is such that two genotypes that differ by a single mutation are linked. The fitness landscape comes through the attribution of fitness values to each sequence, a measure, or a proxy of the individual’s adaptation. In this multidimensional landscape, the evolutionary dynamics follow a local search algorithm through reproduction, mutation, and selection towards local maximums, genotypes that are fitter than all their neighbors. Simulating different versions and limits of population dynamics in this binary space of sequences, we keep track of the fittest individual present at each generation, and in the end, the evolutionary pathway is stored. The process is clearly subject to stochastic factors and its systematic repetition produces an ensemble of evolutionary trajectories, the fundamental information to be explored. From these ensembles for different sets of parameter values, we perform a series of measures mostly associated with the accessibility and reproducibility of evolutionary walks. Two measures are of special interest: predictability and mean path divergence. While the first assesses the probability distribution of the walks, representing a step further with respect to simplistic measures such as the number of distinct paths, the second characterizes both the distribution and a topological notion of path similarity based on the Hamming distance between the sequences of each path. Among our findings, we highlight how the epistatic phenomenon of gene interaction is associated with rugged landscapes, where the number of accessible trajectories is greatly reduced while reducing their similarity, two essentially opposite effects in terms of predictability. In the regime in which the evolution can not be simplified as adaptive walks, but instead one has to take into account the demography, we observe that both the predictability and mean path divergence display a monotonic dependence on the population size 𝑁, but non-monotonic on the mutation rate 𝜇. | pt_BR |
Aparece en las colecciones: | Dissertações de Mestrado - Física |
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Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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DISSERTAÇÃO Diego Cavalcante Cirne.pdf | 2,74 MB | Adobe PDF | ![]() Visualizar/Abrir |
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