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Use este identificador para citar ou linkar para este item: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/60172

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Campo DCValorIdioma
dc.contributor.advisorSIMAS, Alfredo Mayall-
dc.contributor.authorMUNGUBA, Gabriel Henrique Lima-
dc.date.accessioned2025-01-31T14:43:08Z-
dc.date.available2025-01-31T14:43:08Z-
dc.date.issued2024-07-10-
dc.identifier.citationMUNGUBA, Gabriel Henrique Lima. Formas poliedrais representativas para complexos metálicos de coordenação 6 e 7, a partir dos agrupamentos daquelas indistinguíveis devido ao smearing. 2024. Dissertação (Mestrado em Química) – Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2024.pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/60172-
dc.description.abstractNeste trabalho, apresentamos o conceito de poliedros de coordenação indistinguíveis devido ao smearing (CPIS), i.e. geometrias tridimensionais topologicamente distintas, homeomórficas à esfera S2, cujas formas otimizadas de mínima repulsão podem ser transformadas diretamente entre si considerando variações nas posições de seus vértices – de magnitudes estimadas utilizando o tensor de deslocamento atômico U empregado em refinamento de estruturas em cristalografia – sem passar diretamente por um terceiro poliedro intermediário. Pelo teorema de Steinitz, todo grafo planar 3- conectado é homeomórfico a um poliedro convexo que pode ser realizado em R3. O número de grafos poliedrais não-isomórficos, e, pelo teorema, de geometrias combinatorialmente distintas para um número de vértices é finito, e para hexa- e hepta-coordenações iguais a 7 e 34, respectivamente. Obtivemos a partir de cada um desses grafos representações inscritas na esfera unitária de seus poliedros, em máxima simetria, de acordo com a ordem do grupo do automorfismo (AGO) de seus grafos-esqueleto, pelo teorema de Mani, e mínima respulsividade entre seus vértices. Para isso, acoplamos o algoritmo numérico de Hart para cálculo de poliedros canônicos, como definidos pelo teorema de Koebe-Andreev-Thurston, a uma versão adaptada do modelo Crowding desenvolvido para o algoritmo Complex Build de nosso grupo, fundamentado num potencial central do tipo coulômbico (+1⁄r) mais um termo de penalidade do tipo potencial de Hooke (+kx2). Alinhamento destas formas via cálculos de RMSD e comparação das distâncias de separação entre vértices próximos com valores máximos de deslocamento atômico computados a partir de um conjunto de mais de 42.000 arquivos cristalográficos nos indicam que algumas dessas geometrias topologicamente distintas são indistinguíveis devido ao smearing e formam redes poliedrais, sendo assim, podem ser representadas geometricamente escolhendo-se apenas uma ou algumas das formas poliedrais contidas no cluster. O conjunto de poliedros de coordenação únicos distinguíveis considerando efeitos que resultam em smearing que obtemos aplicando critérios de seleção de geometrias destas redes nos mostra que o conjunto de formas de referência consideradas na Química de Coordenação para caracterização estrutural de complexos metálicos carece da adição de outras geometrias. Não somente isso, mas a aplicação de algoritmos de identificação de poliedros de coordenação sobre o mesmo conjunto de estruturas cristalográficas, utilizando esse novo conjunto de geometrias de referência, comprova que essas formas poliedrais não consideradas na literatura de fato são encontradas em complexos já reportados. Prevalência destas geometrias em metais e tipos de ligantes que a favorecem são discutidos no texto. Adicionalmente, em posse de um conjunto completo de formas poliedrais convexas, notamos concepções equivocadas na teoria de poliedros de coordenação como desenvolvida na literatura. A consideração destas geometrias abre possibilidades para o estudo de estereoquímicas alternativas tendo como auxílio formalismos matemáticos como o princípio de enumeração de Pólya, como também permite considerar o espaço geométrico ocupado pela esfera de coordenação de forma mais completa.pt_BR
dc.language.isoporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Pernambucopt_BR
dc.rightsembargoedAccesspt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/*
dc.subjectPoliedro de coordenaçãopt_BR
dc.subjectGrafospt_BR
dc.subjectElipsóides térmicospt_BR
dc.subjectRedes poliedraispt_BR
dc.subjectEstereoquímicapt_BR
dc.titleFormas poliedrais representativas para complexos metálicos de coordenação 6 e 7, a partir dos agrupamentos daquelas indistinguíveis devido ao smearingpt_BR
dc.typemasterThesispt_BR
dc.contributor.advisor-coCARVALHO, Gabriel Aires Urquiza de-
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/4972475832823046pt_BR
dc.publisher.initialsUFPEpt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.degree.levelmestradopt_BR
dc.contributor.advisorLatteshttp://lattes.cnpq.br/9496835605175510pt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pos Graduacao em Quimicapt_BR
dc.description.abstractxIn this work, we introduce the concept of coordination polyhedra indistinguishable due to smearing (CPIS), i.e., three-dimensional topologically distinct geometries homeomorphic to the sphere S2, whose optimized minimal repulsion forms can be directly transformed into each other without a third polyhedron working as an intermediate, if considering vibrations at their vertices’ positions — of magnitudes estimated using the atomic displacement tensor U employed in crystallography for structure refinement. According to Steinitz' theorem, every 3-connected planar graph is homeomorphic to a convex polyhedron realizable in R3. The number of non- isomorphic polyhedral graphs, and hence of combinatorially distinct geometries for a given number of vertices, is finite, being 7 and 34 for hexa- and hepta-coordination, respectively. We calculated unit sphere-inscribed representations of these polyhedra from their graph, of maximum symmetry according to the automorphism group order (AGO) of their skeleton graphs, following Mani's theorem, and minimum repulsitivies between the vertices. This was accomplished by coupling Hart's numerical algorithm for compute canonical polyhedra, by Koebe-Andreev-Thurston’s theorem, with an adapted version of the Crowding model developed by our group for the Complex Build algorithm, defined as a Coulombic-type potential (+1/r) plus a Hooke-like penalty term (+kx2). Alignment of these shapes via RMSD calculations and comparison of the separation distances of the nearest vertices with maximum atomic displacement values, estimated from a dataset of over 42.000 crystallographic files, indicated that some of these topologically distinct geometries are indistinguishable due to smearing and form polyhedral networks. Ergo, they can be geometrically represented by selecting only one or a few of these polyhedral shapes within the cluster. The set of unique polyhedra distinguishable considering effects resulting in smearing obtained by applying selection criteria to these networks shows that the reference set of geometries considered in Coordination Chemistry for structural characterization of metal complexes lacks the inclusion of additional shapes. Furthermore, application of polyhedron assignment algorithms to this same set of crystallographic structures confirms that these polyhedral shapes, not taken into account in the literature, are found in complexes reported, in fact. The prevalence of these geometries through metallic elements and the types of ligands that favor these polyhedra are discussed. Additionally, having a complete set of all distinct convex polyhedral shapes, we identified some misconceptions in the widely accepted theory of coordination polyhedral. Consideration of these geometries opens possibilities for studying alternative stereochemistry with the aid of mathematical formalisms such as Pólya's enumeration theorem and allows for a more comprehensive coverage of the geometric space of the coordination sphere as well.pt_BR
dc.contributor.advisor-coLatteshttp://lattes.cnpq.br/5144449770910610pt_BR
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