Caracterização genômica de isolados de SARS-CoV-2 circulantes em Pernambuco, Brasil

Abstract

Síndrome Respiratória Aguda Grave Coronavírus 2 (SARS-CoV-2) é o mais recente coronavírus (CoV) identificado, responsável por causar a doença do coronavírus 2019 (COVID-19). Os primeiros relatos da doença foram em dezembro de 2019 na cidade de Wuhan, China. Posteriormente, o vírus se disseminou por diversos países ocasionando mais de 600 milhões de casos e 6 milhões de mortes em todo o mundo. As iniciativas de sequenciamento e vigilância genômica desenvolveram um papel fundamental frente à atual pandemia, permitindo a identificação e compreensão da evolução do SARS-CoV-2. Esse projeto teve como objetivo analisar os genomas das cepas de SARS-CoV-2 circulantes em Pernambuco durante os dois primeiros anos da pandemia da COVID-19 no estado, a fim de identificar as principais mutações e linhagens virais presentes. Para este fim, realizamos a montagem de 63 isolados sequenciados previamente pelo Laboratório de Bioinformática e Biologia Evolutiva da Universidade de Pernambuco (LABBE-UFPE), oriundos de diferentes municípios de Pernambuco. Além disso, também recuperamos genomas completos e com alta qualidade disponíveis no GISAID coletadas em Pernambuco entre março de 2020 a março de 2022, resultando em um conjunto de dados com 1898 sequências. Observamos a circulação de 44 linhagens, sendo 3 variantes de preocupação, P.1 (gama), B.1.617.2 (delta) e a B.1.1.7 (alfa). As variantes P.1 e AY.99.2 (sublinhagem Delta) apresentaram maior frequência e foram encontradas em todas as mesorregiões do estado de Pernambuco, demonstrando uma disseminação sustentada por todo o estado. Além disso, identificamos 3885 SNPs, sendo a maior parte de sua ocorrência em regiões codificantes do genoma viral e foram classificados como alterações missense e sinônimas de impacto baixo a moderado. Observamos as mutações C241T, C3037T (F105F), C14408T (P323L), A23403G (D614G) apresentando frequência acima de 99% e as G28881A (R203K), G28882A (R203R) e G28883C (G204R) presente e mais de 75% das cepas. A partir das análises evidenciamos a dinâmica das variantes circulantes no período de quase dois anos da pandemia no estado de Pernambuco. As diferentes variantes surgem conforme o vírus evolui e traz impactos à saúde pública, conforme observamos o aumento no número de casos e mortes associados à disseminação da P.1 no estado. Destacamos o importante papel da vigilância genômica no rastreio das variantes e compreensão da evolução viral.