Elaboração de ferramenta em bioinformática para a proposição de SNPs em genes humanos relacionados a patogenia do HPV

Abstract

O câncer de cólon uterino é apontado mundialmente como o mais incidente em mulheres, e o HPV tem sido descrito como o principal causador dessa patogenia. Durante o processo patogênico, o HPV interfere nos mecanismos gênicos da célula, daí a grande importância dos estudos desenvolvidos com a técnica de microarranjos que têm apresentado à comunidade científica diversos genes relacionados à infecção. Como os polimorfismos de base única (SNPs) vêm sendo associados a susceptibilidade ou não a doença, o presente trabalho descreve o programa SNP8, o qual foi desenvolvido para a análise de SNPs que possam ocorrer em regiões codificadoras (CDS) do genoma humano. O programa SNP8 é de livre acesso pela internet e requer apenas informações a respeito do gene que se pretende estudar, como nome, ID e símbolos oficiais. Em seguida o programa inicia a busca e alinha as seqüências RefSeq Exons, encontradas no banco público do NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) e das ESTs, encontradas no banco público do UCSC Genome Browser (genome.ucsc.edu). Os SNPs encontrados entre essas seqüências são armazenados para posteriores análises. Em um processo passo, o programa busca as seqüências de SNPs já anotadas no banco público do NCBI e as compara com os SNPs previamente armazenados pelo programa. As comparações que coincidem são descartadas e as que não coincidem são propostas como potenciais novos SNPs, os quais são alinhados com a seqüência CDS do gene em estudo para a determinação da posição desses potenciais novos SNPs no CDS. Durante a validação do programa foram encontrados muitos potenciais novos SNPs em regiões CDS, dos quais 53,12% foram não sinônimos e 46,88% foram sinônimos. Esses SNPs foram confirmados por 30 70% do total de ESTs analisadas para cada gene. Com a descoberta desses potenciais novos SNPs para genes importantes relacionados a patogenia do HPV, nós sugerimos uma análise de confirmação desses potenciais SNPs encontrados pelo programa SNP8, o que acarretaria numa ampliação do banco dbSNP, de onde os dados foram retirados. Devido ao programa SNP8 trabalhar com dados atualizados dos bancos de dados do NCBI e do UCSC Genome Browser, a comunidade científica está melhor informada dos diferentes SNPs que podem ser encontrados exclusivamente em regiões CDS do genoma humano